植物内生菌是植物微生态系统的重要组成部分，在长期的协同进化过程中，与植物形成了互惠互利的关系。植物内生菌能够产生活性物质，可作为生物防治资源、外源基因的载体和新药的来源，在农业、医药卫生领域有着巨大的应用潜力。2006年我国学者利用植物内生菌技术培育出优质高产水稻，显示了植物内生菌是一类非常重要的资源。虽然经过几十年的研究，但是目前植物内生菌的研究仍处于起步阶段，对其开发和应用刚刚展开。本文对植物内生菌的发现过程、定义、生物多样性、动力学规律、研究方法及应用方面进行概括，为植物内生菌深入研究提供理论参考。
1 植物内生菌的发现过程和定义
植物体内普遍存在着内生菌，由于其生活在没有外在感染症状的健康植物组织内部，因此植物内生菌的存在和作用长期以来未被发现。直到20世纪30年代，由于牲畜食了感染内生真菌的牧草，给畜牧业造成重大损失，才开始对植物内生菌有了初步认识。内生菌一词“endophyte”最早是由德国科学家DeBarry于1886年提出。1986年，Carrol将植物内生菌定义为生活在地上部分、活的植物组织内不引起明显症状的微生物。1991年，Petrini提出植物内生菌是指生活史的一定阶段生活在活体植物组织内不引起植物明显病害的微生物。1992年，K1eopper等认为植物内生菌是指能够定殖在植物细胞间隙或细胞内，并与寄主植物建立和谐联合关系的一类微生物，并首次提出了“植物理内生细菌”的概念，他认为能在植物体内定殖的致病菌和菌根菌不属于内生菌。
目前，植物内生菌较被公认的定义是指那些在其生活史的一定阶段或者全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官内部的真菌或者细菌，被感染的宿主植物(至少是暂时)不表现出外在症状，是一个生态学概念，而非分类学单位。
2 植物内生菌的研究现状
2.1 植物内生菌的生物多样性
植物内生菌的生物多样性主要包括寄主植物种类多样性、内生菌在寄主植物不同部位分布多样性和内生菌自身种类多样性。研究发现植物内生菌广泛存在，地球上300000种植物中都有内生菌的存在。农业上对内生菌研究较多的植物有水稻、小麦、棉花、高粱、牧草、马铃薯、玉米、甘蔗、甜菜、黄瓜、柠檬等。研究发现植物内生菌几乎存在于植物的所有组织中，不仅存在于植物的根、茎、叶、花、果、胚、种子中，在植物的根瘤中也分离到了内生菌。
植物内生菌的种类也十分繁多，主要包括内生细菌、内生真菌和内生放线菌三大类。目前已报道在各种农作物及经济作物中发现的植物内生细菌已超过129种，分属于54个属，主要为假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、泛菌属(Pantoea)、甲基杆菌属(Methylobacterium)等。植物内生真菌主要在药用植物、羊茅属植物、热带树木中研究较多，现在发现的内生真菌主要为子囊菌类(As comycet)及其无性型，包括核菌纲(Pyrenomyetes)、盘菌纲(Discomyetes）和腔菌纲(Loculoascomyetes)等。植物内生放线菌主要在红树林、热带多年生树木及一些药用作物中研究较多，主要为链霉菌属(Streptomyces)、链轮丝菌属(Streptoverticillum)、游动放线菌属(Antinoplanes)、诺氏卡菌属(Nocardia)、小单胞菌属(Micromono sp.ora)。以下列举了近10年研究过的内生细菌、内生真菌和内生放线菌及其寄主(表1、2、3)(略）。
2.2 植物内生菌的动力学研究
植物内生菌的动力学主要指内生菌在植物体内的定殖、分布和运动。内生菌一旦进入植物体内就寻找适合自已生存的组织定殖下来，而不是在各组织间到处扩散。Posada和Vega认为植物内生细菌主要定殖在细胞间隙。刘忠梅等采用链霉素和利福平抗性标记B946菌株发现B946向茎基部和叶内转移。植物内生菌可以定殖于植物的根毛、
叶片、维管组织、木质部的表皮细胞、细胞间隙、细胞质中等。内生菌可以很容易地穿过植物皮层进入木质部导管中，随着植物的生长可以将内生菌运送到植物上部营养器官或繁殖器官中。而有些内生菌定殖在植物种子内，成为“种生内生菌”，成为下一代植物新植株内生菌的重要来源。
内生菌在植株内的分布与寄主植物和部位有相关性。植株不同，其体内内生菌群落结构有差异。马冠华等分离了烟草、甜玉米、棉花和水稻4种植物根、茎、叶的内生细菌发现，烟草根、茎、叶中的内生细菌菌量趋势与甜玉米和棉花相同，根最多，茎次之，叶最少；而与水稻的根最多，叶次之，茎最少的趋势不同。Rosenblueth和Martines研究认为内生菌在植株体内的分布通常下部组织多于上部组织，越往植株顶部，内生菌越少。植株中内生菌群落结构组成不仅与植株类型、植物器官、生长环境、生育期有关，还与品种有关。高增贵等研究发现内生细菌在不同玉米品种和不同生育期存在程度不同，品种的遗传背景与其内生细菌的种类和数量显著相关。Conn和Franco发现土壤类型对小麦内生菌的种群结构组成起决定作用。植物内生菌具有一定的运动性，运动不仅有利于定殖作用，而且可以使内生菌及时避开来自于外环境的生存压力。蔡学清等研究了辣椒内生细菌BS-1和BS-2在辣椒、白菜体内的定殖动态，发现BS-l和BS-2在辣椒体内通过维管束(木质部)进行传导。Compant等发现内生菌Burkholderia在葡萄Vitis vinifera地上部分是通过蒸腾系统进行系统性传播。安千里等用共聚焦激光扫描显微镜观测GFP标记的内生固氮菌Klebsiella oxytoca SA2侵染水稻根时，发现SA2主要从侧根皮层进入内皮层和维管束。
3 植物内生菌研究方法进展
3.1 植物内生菌的检测
检测内生菌在植物体内的定殖动态变化最常规的方法是抗药性标记法，通过目标细菌的自发突变或诱变，筛选出抗高浓度抗生素的突变体，再以此标记株进行回收检测。常用的抗生素有利福平、链霉素等。蔡学清利用双抗标记成功检测到枯草芽胞杆菌BS-2和BS-l在辣椒体内的定殖动态。吴蔼民等用抗利福平标记法，对来自棉花的内生菌
3.2 植物内生菌多样性研究
传统植物内生菌的多样性研究是采用先分离获纯培养后，通过形态学、生理生化特性对分离物进行鉴定，得到其多样性信息。Hironobu和Hisao对从水稻各个组织中分离到的30株细菌，进行SSUrRNA序列分析，显示这30株内生细菌属于这6大类(Bacillus pumilus、Curtobacterium sp.、Mehtylobacterium aquaticum、Sphingomonas yabuuchiae、Sphingomona melonis、Pantoea ananatis)。但是99%的微生物都是非可培养的，这种方法得到的信息具有很大的局限性。同时分离培养工作量大，鉴定过程繁琐复杂，因此建立快速、简单、能够更好反映微生物群落结构的方法变得十分迫切。
近年来，新兴的技术如DGGE、T-RFLP等，大大弥补了传统培养方法的不足，为检测植物内生细菌种群多样性提供了更有效的手段。2009年Janpen等通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)和传统的培养方法相结合，分析了栽培稻中内生细菌的群落结构多样性。2002年Sessitsch等用T-RFLP和DGGE技术相结合，分析了不同马铃薯品种内生细菌的多样性。2004年Vanessa等使用16S rDNA -T- RFLP技术分析小麦根围光化细菌的群落结构。Zhao等同时采用16S rDNA-PCR-DGGE方法和传统的平板分离方法，研究了烟草叶片内生细菌的多样性，序列分析结果表明DGGE图谱中的一些条带的序列能和培养分离中的一些细菌相吻合，另通过DGGE分析还发现了一些培养方法中尚未出现的内生细菌。Zheng等用PCR DGGE结合电镜发现绿萍Azolla microhylla的内生细菌中以芽孢杆菌和蓝细菌为主要类群。
4 植物内生菌的应用
4.1 在农业生产上的应用
研究表明植物内生菌与病原菌具有相同的生态位，在植物体内相互竞争空间、营养，使病原菌得不到正常的营养供给而消亡，从而增强宿主抵御病害的能力。另外植物内生菌可以分泌抗生素、毒素等代谢物质，这些代谢物质能够诱导植物产生系统抗性(ISR)。因此，对植物施用植物内生菌产生的抗菌剂、抗虫剂，来增强植物的抗逆性，起到生物防治效果，既减少了化学农药对环境的污染，又保证了植物的产量品质。吴蔼民等报道了内生菌
4.2 在医药上的应用
研究表明植物内生菌代谢产物有抗肿瘤、抗菌，抗病毒等作用。Gary和Strobel等从欧洲红豆杉中分离到内生真菌Acremzonium sp.能产生一系列抗真菌、抗癌的肽类活性物质，其中白灰制菌素(leucinostatin)能很好地抑制人类的一些肿瘤细胞。Strobel研究小组从卫矛科著名药用植物雷公藤中分离到的内生真菌Cryposporiopsis cf.quercina，能产生一种新型环肽抗生素cryptocandin，对癣菌及白色念珠菌等人类病原真菌具有强烈抑杀作用，其MIC与临床应用的抗真菌药两性霉素B(amphotericin B)相当，具良好开发前景。Castillo等发现K.nzgriscans的一株内生链霉菌能够产生一类活性多肽Munumbicicins，这类多肽不仅具有广谱的抗菌活性，而且对有耐药性的病原菌、寄生虫有很好的抑制作用。利用植物内生菌的次生代谢物质开发新的药物将是今后医药方面的研究方向之一。
4.3 作为外源基因载体
由于内生菌在植物体内的适应性，一些研究者以内生菌为受体构建植物内生防病或杀虫工程菌，再将其引入植物体内，使植物起到与转基因防病杀虫植物相同或类似的作用，从而达到生物防治的目的。2000年Dowring等在从苹果苗中分离出内生菌Pseudomonesa fluorescens中转入抗病chiA基因，再把这种携带的chiA基因的内生菌接种到豆苗中，可以防治豆苗病原真菌Rhizoctomia solani，同时还在甘蔗内生菌中转入抗虫基因cry
另外发现植物内生菌有降解环境污染物的功能，如从珠江入海口红树中分离到的内生菌，有清除工业废水中的有害物质，起到净化海水的作用。而Barac等研究表明某些内生菌能够降解甲苯，并且能使其宿主植物产生对甲苯的抗性，这就为利用微生物接种植物进行环境修复提供了可能。植物内生菌为环境污染治理注入了新的血液，但其相关研究才刚刚开始，有待于进一步深入。
5 问题与讨论
虽然内生菌的研究已经开展了多年，但是对于内生菌的界定还很模糊。一些人认为内生菌主要是指其生活史的某一阶段生活在植物组织内，使植株不发病或者暂时不表现出症状的一类微生物，不包括致病菌，它们的存在并未使植物的表型特征和功能有任何改变的微生物。然而由于环境等原因，有很多致病菌被弱化了，其能在植物体内大量存在但不使植物发病，这些弱致的致病菌在植物内已经占据了一定的生态位，与寄主建立了一定的协作关系，已从外源菌转变为植物内生菌。另外，有许多内生菌在与植物协同进化过程中，能够分泌大量的植物生长激素类物质、抗生素物质等，来促进植物生长或者诱导植物产生抗性，在一定程度上讲，内生菌改变了寄主植物的表型特征和功能。因此，笔者认为健康的植株经过严格的表面消毒，通过组织分离培养或者分子等其他方法得到的微生物，都属于内生菌的范围，包括对宿主暂时没有伤害的潜伏性的病原菌和促生内生菌、拈抗菌等。
在植物内生菌生物学特性研究上，由于内生菌生活在植物这一特定的生境内，植物不同、环境不同，其生活的环境和营养条件也不同，现在没有一种理想的培养方法可以检测到所有的植物内生菌，寻找一种切实可行的植物内生菌检测方法对于植物内生菌生物学和生态学研究尤为重要。
而对于植物内生菌群落多样性研究，由于研究条件和技术方法的限制，目前研究甚少，结论都不是很全面，但是DGGE等微生物免培养研究方法在植物内生菌多样性研究中的成功运用，开辟了植物内生菌多样性研究新思路。通过借鉴土壤微生物多样性研究思路与方法，如DGGE、磷脂脂肪酸法(PLFAs)等，来分析植物内生菌群落结构多样性，将是未来内生菌多样性研究的新方法。
植物内生菌具有拮抗性和致病性双重特性，因此在内生菌开发应用方面，除了开展内生菌在病虫害防治方面的开发和应用外，还要考虑其病理学上的特性。同时植物内生菌本身是一个生物活体，田间环境和植物体微生态环境中的许多因子都会影响内生菌防病功能的发挥，因此在利用植物内生菌进行大田防病时，必须考虑其生态学、病理学和形态学等方面的影响。
总的来说，植物内生菌的生境特殊性决定了其既有理论研究的广度和深度，又有广泛的应用潜力，是个潜力巨大、尚待开发的微生物新资源。随着分子生物学、生物化学和微生态学的发展，对内生菌的研究将更深入，内生菌在农业、医疗等方面将发挥更大的作用。
作者单位： (1.福建省农林大学应用生态研究所，福建 福州 350002；2.福建省农业科学院农业生物资源研究所，福建 福州 350003)
注明：国家863项目（2006AA100101；2006AA
